O Ναός της (Αθηνάς) Αφαίας βρίσκεται στην Αίγινα, 
στο ιερό αφιερωμένο στην ομώνυμη θεότητα. 
Βρίσκεται σε ύψος 160 μέτρων στην ανατολική πλευρά του νησιού.
Αφαία
Η θεότητα ταυτίζεται με την κρητική Δίκτυννα ή Βριτόμαρτη.
 Σύμφωνα με μια σύμπτυξη μύθων από την ελληνική μυθολογία,
 ο βασιλιάς της Κρήτης Μίνως ερωτεύθηκε τη Βριτόμαρτη και την κυνηγούσε 
και εκείνη για να γλυτώσει έπεσε στη θάλασσα.
 Την έσωσαν όμως ψαράδες που τη μετέφεραν στην Αίγινα, αλλά κι εκεί 
την κυνηγούσε ένας από αυτούς. 
Κατέφυγε λοιπόν στο ιερό άλσος της Άρτεμης 
και εξαφανίστηκε με τη βοήθεια της θεάς. 
Σίγουρη είναι η σχέση της με την Άρτεμη, καθώς αλλού αναφέρεται 
η Βριτόμαρτις ως νύμφη, κόρη της, ενώ η ίδια η Άρτεμη 
έχει τα λατρευτικά ονόματα Αφαία, Βριτόμαρτη, Δίκτυννα.
 
Όταν οι ντόπιοι έψαξαν να τη βρουν βρήκαν στη θέση της ένα άγαλμα
 κι έτσι την ονόμασαν Αφαία (δηλαδή άφαντη). 
Στη θέση εκείνη ίδρυσαν αργότερα οι Αιγινήτες ένα ιερό και αργότερα
 χτίστηκε ναός, ο οποίος χρονολογείται στις αρχές του 5ου αιώνα π.Χ. 
μετά τη Ναυμαχία της Σαλαμίνας, στην οποία πήρε μέρος και το νησί.
 Η εύρεση της θεότητας πραγματοποιήθηκε μετά την ανακάλυψη
 αρχαϊκής επιγραφής.
 O αρχικός τύπος του ονόματός της είναι Άφα. 
Το ιερό της Αφαίας το αναφέρει ο Παυσανίας. 
Πριν βρεθούν οι επιγραφές, το θεωρούσαν ιερό της Αθηνάς ή του Ηρακλή.
Λατρεία
Ο χώρος του ιερού παρουσιάζει ίχνη λατρείας 
από την ύστερη Μυκηναϊκή περίοδο (1300 π.Χ.) γυναικείας θεότητας της γονιμότητας.
Στη σπηλιά που λέγεται από το μύθο ότι κρύφτηκε η Βριτόμαρτις 
όταν έφτασε στην Αίγινα βρέθηκαν ειδώλια προελληνικής γυναικείας θεότητας,
 της Ευγονίας. 
Αργότερα η θεότητα αυτή ταυτίστηκε με τη θεά Αθηνά 
και έτσι προέκυψε η Αφαία Αθηνά.
Ναός
Ο ναός που σώζεται σήμερα χρονολογείται γύρω στο 500-490 π.Χ.: είναι ο δεύτερος, 
καθώς ο πρωιμότερος δωρικός χρονολογείται στο 570-560 π.Χ. 
και καταστράφηκε από πυρκαγιά γύρω στο 510 π.Χ.
 Βαθμιαία το ιερό της Αφαίας παρήκμασε μετά και την αθηναϊκή κυριαρχία 
στην Αίγινα και μόνο κάποιες επισκευές έγιναν τον 4ο αι. π.Χ. 
Μέχρι το τέλος του 2ου αιώνα είχε πια εγκαταλειφθεί. 
Ο ναός θεωρείται ως κορυφαία δημιουργία της αρχαϊκής αρχιτεκτονικής 
και πιστεύεται ότι αποτέλεσε το ναό πρότυπο
 για τους αρχιτέκτονες του Παρθενώνα, Ικτίνο και Καλλικράτη.
Στο πλάτωμα του υψώματος στα βορειοανατολικά του νησιού, φαίνεται ότι
 είχε ιδρυθεί ένας μικρός ναός που δεν σώζεται κανένα ίχνος του. 
Ανακαλύφθηκε κατά τις ανασκαφές, στα θεμέλια του βωμού, 
που υπήρχε εμπρός από τον ναό.
Αρχαιολογικές ανασκαφές
Γύρω στον 3ο αι. μ.Χ. αφαιρέθηκαν οι μεταλλικοί σύνδεσμοι που συγκρατούσαν
 τα αρχιτεκτονικά μέλη του ναού κι έτσι κάποια τμήματά του κατέρρευσαν.
Η πρώτη έρευνα έγινε το 1811 από τον Άγγλο αρχιτέκτονα Cockerell 
και το Γερμανό βαρώνο von Hallerstein, που επισκέφθηκαν το χώρο
 και ανέσκαψαν τα γλυπτά των αετωμάτων, τα οποία μετέφεραν στην Ιταλία,
 πουλήθηκαν στον Λουδοβίκο Α’ της Βαυαρίας και έτσι το 1828 
κατέληξαν στο Μόναχο, όπου βρίσκονται μέχρι σήμερα και εκτίθενται
 στη Γλυπτοθήκη του Μονάχου. 
Συστηματική ανασκαφή του μνημείου πραγματοποιήθηκε 
από το Γερμανικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο το 1901, υπό την εποπτεία 
των Ad. Furtwangler και H. Thiersch και αργότερα, το 1964-1981, του D. Ohly. 
Τα έτη 1956-1957 έγιναν αναστηλωτικές εργασίες από τον Α. Ορλάνδο και τον Ε. Στίκα.
Στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο Αθηνών υπάρχουν λίγα κομμάτια
 επηρεασμένα από τη χαλκοπλαστική σχολή που άκμασε 
στο τέλος της αρχαϊκής περιόδου στην Αίγινα.
Η κατάσταση του αρχαιολογικού χώρου παρουσιάζει προβλήματα,
 τόσο στην περίφραξη όσο και στη συντήρηση των υποστηρικτικών μονάδων.
 Το Μάρτιο του 2011, το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο ενέκρινε μελέτη
 για «την αναβάθμιση του περιβάλλοντος χώρου και για φωτισμό
 ανάδειξης των ναών Αφαίας και Ελλανίου Διός στην Αίγινα»
 
Η Αίγινα ήταν νύμφη που σύμφωνα με τον μύθο
 απήχθη από τον Δία. Από την ένωσή τους 
προήλθε ο βασιλιάς της Αίγινας Αιακός.
 
Ήταν μια από τις είκοσι κόρες του ποταμού Ασωπού και της Μετώπης, 
κόρης του ποταμου Λάδωνα. Αδελφή της ήταν η Σαλαμίς. 
Ο Δίας την ερωτεύτηκε και γι’αυτό το λόγο την απήγαγε μεταφέροντάς τη
στο νησί Οινόη ή Οινώνη ή Οινόπια, τη σημερινή Αίγινα. 
Όταν την απήγαγε ο πατέρας της την έψαχνε παντού ώσπου, ο Σίσυφος
 του αποκάλυψε οτι ο πατέρας των θεών απήγαγε την κόρη του και ότι ο ίδιος, 
είδε την αρπαγή από τον ψηλό βράχο που καθόταν. 
Στην αρχή ο Σίσυφος ήταν διστακτικός για το αν θα έπρεπε να αποκαλύψει 
στον Ασωπό την αρπαγή, για να μην τα βάλει μαζί του ο Δίας. 
Όταν όμως ο Ασωπός του πρόσφερε μία πηγή με νερό σε αντάλλαγμα 
για να μάθει τι απέγινε η κόρη του, ο Σίσυφος λησμόνησε τις σκέψεις 
και τους φόβους του και όπως ήταν διψασμένος τόσες μέρες στο παρατήριο του, 
ήταν η ιδανική ευκαιρία να προδώσει την αλήθεια.
 
Να σημειωθεί ότι ο ποταμός Ασωπός υπάρχει ακόμα και σήμερα 
στην Αίγινα αλλά ονομάζεται «Ρέμα της Σκοτεινής».